رئیس شورای انقلاب شد و رئیس مجلس تدوین قانون اساسی. هر دو جا صندلی و جلوه گری را به یک روحانی خوش ذوق از فرنگ برگشته میداد به نام آیت الله بهشتی، اما در مجلس قانون اساسی او بود که اصل ولایت فقیه را پیش کشید و تأیید کرد و در چالش با ابوالحسن بنی صدر و دیگر مخالفان این اصل در مجلس و جامعه، او بود که سینه سپر کرد و ایستاد. و این پرگفتگوترین اثری بود که آقای منتظری بر صفحه روزگار گذاشت.
اصل ولایت فقیه که پیشنهاد، اصرار برای تصویب و نهادنش در قانون اساسی جمهوری اسلامی کار آقای منتظری بود از زمان تصویب تا سی سال بعد که او زنده بود همچون بندی بر پایش بسته بود و بیشترین تلاشش در زندگی چالش با آثار همین مصوبه بود که با همه توضیحاتی که پیرامونش داد هرگز نگفت که از نقش خود در این کار متأسف و پشیمان است.
شش سال بعد از مرگ همبندش، و در حالی که استاد و مقتدایش آیت الله خمینی در بستر بیماری بود نگرانی برای آینده جمهوری اسلامی که ولایت فقیه بر صدر قانون اساسی اش نشسته بود دولتمردان را واداشت تا آقای منتظری را به نیابت رهبر انقلاب و در حقیقت به عنوان دومین ولی فقیه جمهوری اسلامی انتخاب کنند.
او خود با چنین انتخابی مخالف بود و این را نوشت، اما بعدها آیت الله خمینی فاش ساخت که او نیز موافقتی با نشاندن آقای منتظری به جای خود نداشته است.
درست ده سال از مرگ نفر اول این قصه، آیت الله طالقانی میگذشت