دینی و ولایت فقیه جامعه ای آرمانی را جستجو میکرد، به زودی دریافت که خود این نظام به مظهر شر و فساد و خباثت و جنایت تبدیل شده است. او که خود در مجلس خبرگان قانون اساسی به دفاع فقهی از نظریه ولایت فقیه پرداخته و راه را از لحاظ نظری برای عروج استبداد مذهبی کامل گشوده بود، به زودی با عملکردهای این نظام و خشونت ها و نقض های فاحش حقوق بشر که وجدان اش را آزار میداد، از در مخالفت درآمد. این مخالفت و واگرائی طی سال ها چندان پیش رفت که سرانجام و در ماه های آخر حیات خود اعتقاد به ولایت مطلقه فقیه را کاملا رد کرده و از دیدگاه مذهبی از مظاهر بارز شرک خواند. منتظری حتی از لحاظ شخصی و اخلاقی از این هم پیش تر رفته و بابت نقشی که در بر سر کار آوردن این نظام ستم گر ایفا کرده بود از مردم پوزش طلبید.
منتظری در دهه شصت، که به درست نام دهه وحشت بزرگ به خود گرفته است، زبان به اعتراض نسبت به شکنجه و خشونت و بد رفتاری با زندانیان سیاسی و اعدام های گسترده گشود و تلاش کرد با انجام اقداماتی که اکثرا هم پنبه هایش از سوی حافظان راستین نظام دوباره رشته میشد، به اصلاح وضع بپردازد و چه بسا جان هائی هم که از مرگ رهانید. ضمن همین تلاش ها او در نامه هائی که به خمینی نوشت وی را به انجام اعمالی که "روی رژیم شاه را سفید کرده است" متهم کرد. همین کافی بود تا گردونه ماشین جهنمی نظامی که ادعای اولوهیت میکرد و در عمل میدان تاخت و تاز ریاکاران و مال اندوزان و شکنجه گران شده بود او را نیز درنوردد و به عنوان ساده لوحی که نمی داند "مصلحت نظام" را چگونه باید حفظ کرد بی رحمانه از قدرت کنار زند و درهم