واجبات میدانست و برای آنچه مصلحت نظام میدانست حاضر بود احکام شرع (از قبیل نماز و روزه و حج و مضاربه و مزارعه و مساقات) و جان چند هزار مخالف را فدا کند، در مقابل مرحوم منتظری مصلحت نظام را واجب نفسی نمی دانست آنرا واجب مقدمی و طریقی برای اقامه عدالت میدانست و برای حقوق انسان از آن حیث که انسان است احترام قائل بود و به رعایت دقیق ضوابط شرع در مورد زندانیان و مخالفان به شدت پای بند بود.
مرحوم منتظری در برابر اعدامهای بی رویه سال 67 در زندانهای جمهوری اسلامی به شدت به استاد خود اعتراض کرد. به نظر وی این اعدامها بر خلاف ضوابط مسلم شرعی و بر خلاف قوانین موضوعه صورت گرفت. او به موضع خود به آن حد اطمینان داشت که حاضر شد بخاطر پافشاری بر آن از رهبری نظام که بیش از چند ماه با آن فاصله نداشت، چشم پوشی کند. در آن امتحان دشوار و خطیر حسینعلی منتظری نجف آبادی روسفید و سربلند بدر آمد. فرزند فاضل روستائی باصفا مرحوم حاج علی منتظری نجف آبادی در مرأی و منظر اکثر ملت ایران مظفر و منصور شد. در این ابتلاء الهی بر اساس موازین مسلم قرآنی بزرگانی مردود شدند که علیرغم خدمات فراوانشان باعث و بانی انحراف بنیادی جمهوری اسلامی هستند.
[ . . . ] ایشان از کجا اینگونه با اطمینان قضاوت میکنند که مرحوم منتظری در آن امتحان رفوزه شد و رنجهائی که توسط [ . . . ] بر وی (منتظری) روا رفت کفاره گناهان اوست ؟ این موضع ربوبی است که بهشت و جهنم و ثواب و عقاب و کفاره تعیین میکند. البته ولایت