سایر تبعیدگاه های خویش در بین نماز به تفسیر قرآن پرداخت. به تدریج تعداد نمازگزاران بیشتر و فضای مسجد برای تبلیغ نهضت اسلامی آماده تر میشد. مأموران رژیم از بی باکی غیرمنتظره تبعیدی به نگرانی افتاده و از راه های مختلف در جهت تضعیف ایشان کوشیدند و در نهایت پس از گذشت حدود چهار ماه او را به تبعیدگاه سقز منتقل کردند.
سقز آخرین تبعیدگاه آیت الله بود. با وجود دوری از شاگردان و دوستان و اختلاف با مردم بومی منطقه از نظر مذهب و زبان، ساواک از دیدار مردم با وی دچار نگرانی شده و از مرکز خواستار تصمیم گیری در این زمینه شد؛ از طرف دیگر در ارتباط با برگزاری مراسم سالگرد 15 خرداد در مدرسه فیضیه قم که ده ها نفر از دوستان و شاگردان او دستگیر شده و ساواک به ارتباط دستگیرشدگان با منتظری پی برده بود، تصمیم به بازداشت و انتقال او به تهران گرفت. مجموع این عوامل باعث شد رژیم در تیرماه 1354 آیت الله منتظری را از تبعیدگاه سقز روانه زندان کند. ابتدا او را به بازداشتگاه کمیته مشترک تهران بردند و فردای آن روز روانه زندان اوین کردند و آیت الله شش ماه را در سلول انفرادی گذراند که در این بازداشتگاه ها با فشارهای روحی و جسمی روبه رو شد. در زیر همین فشارها و شکنجه ها بود که شکنجه گر "ازغندی" به او گفته بود: "علت اینکه تو را از حوزه دور نگه میداریم و از این طرف به آن طرف میفرستیم این است که یک خمینی دیگر به وجود نیاید."
ایشان پس از شش ماه بلاتکلیفی در زندان اوین بالاخره در یک دادگاه نظامی به اتهام کمک به جنبش اسلامی و خانواده زندانیان سیاسی