علما و روحانیون قم ایشان از زندان آزاد شد. هنوز چند ماهی از این آزادی نگذشته بود که ایشان برای ملاقات با امام خمینی در عراق به طور مخفیانه از کشور خارج شد اما مأموران از این سفر مطلع شده و هنگام بازگشت از عراق او را در منطقه مرزی دستگیر و روانه زندان کردند؛ زندانی که این بار پنج ماه طول کشید. اگرچه ایشان آزاد شدند اما ساواک دیگر به روی آیت الله حساس شده و از همین رو بود که در زمان تاجگذاری در سال 46 ایشان را به مسجد سلیمان تبعید کردند. اگرچه ساواک به ایشان ابلاغ کرده بود حق سفر به قم را ندارد اما او پس از گذراندن سه ماه در مسجد سلیمان به قم مراجعت کرد و با وجود تدابیر شدید امنیتی و ممانعت های ساواک عده زیادی از علما، استادان و طلاب حوزه علمیه با او دیدار کردند. این بار ساواک تدبیر دیگری اندیشید و ایشان را به نجف آباد منتقل کرد و تحت مراقبت های شدید قرار داد.
اما آیت الله منتظری بیکار ننشست و با پایه گذاری نماز جمعه نجف آباد و ایراد خطبه از این تریبون فعالیت خود را ادامه داد و همین باعث شد در حالی که هنوز چند ماه از تبعید او نگذشته بود ایشان مجددا دستگیر و پس از محاکمه به یک سال و نیم زندان محکوم شود. اردیبهشت سال 49 دوران محکومیت آیت الله به پایان رسید و ایشان پس از آزادی راهی قم شد اما حضور ایشان در میان طلاب قم چندان به مذاق رژیم خوش نیامد و دوباره آیت الله را به زادگاهش تبعید کردند. ایشان در نجف آباد فعالیت هایشان را پی گرفتند و در خطبه های نماز جمعه این شهر به انتقاد از حکومت پرداختند. هجوم جمعیتی که برای