پس از آزادی امام خمینی از زندان قصر و حصر در قیطریه و سخنرانی شدیداللحن 15 خرداد حساسیت ها روی آیت الله العظمی منتظری زیاد میشود چرا که ایشان در تمام مجالس به عنوان نماینده امام خمینی سخنرانی میکرد و به خاطر اجازه دریافت وجوهات شرعیه از آیات بروجردی، شیرازی، حکیم، شاهرودی و امام خمینی موقعیت ویژه ای داشتند. بعد از لایحه کاپیتولاسیون و تبعید امام به ترکیه و عراق فعالیت های آیت الله العظمی منتظری وارد فاز جدی تری میشود. ایشان علاوه بر تلاش های بسیاری که برای آزادی امام خمینی انجام داد پیشنهاد تعطیلی دروس را مطرح کرد که با مخالفت آیت الله شریعتمداری مواجه شد.
آیت الله منتظری برای راضی کردن وی به بیت ایشان میرود. اگر چه آیت الله منتظری موفق نمی شود وی را به تعطیل کردن دروس راضی کند، اما همین تلاش ها به دومین دستگیری ایشان منجر میشود چنان که آیت الله فاضل لنکرانی در این باره میگوید؛ "از کوچه آقای شریعتمداری که بیرون آمدیم به آقای منتظری گفتم که شما برای زندان آماده شو. ایشان گفتند به چه مناسبت ؟ گفتم که من نتیجه جلسه امشب را این طور میبینم." پیش بینی آیت الله فاضل لنکرانی به تحقق پیوست و سلسله بازداشت های آیت الله منتظری آغاز شد به گونه ای که ایشان بارها و بارها به زندان افتاده یا تبعید شدند.
عید نوروز سال 45 بود که مأموران ساواک به دنبال پخش اعلامیه در حرم حضرت معصومه بی درنگ سراغ آیت الله رفته و مجددا ایشان را بازداشت کردند؛ بازداشتی که هفت ماه به طول انجامید اما با اعتراض