پس از چندی به دلیل شلوغی جلسات آیت الله بروجردی، ایشان و شهید مطهری تصمیم میگیرند در جلسات مباحث عقلی امام خمینی شرکت کنند. آنچنان که آیت الله میگوید از همان زمان بود که دروس عالیه امام خمینی در آن مدرسه آغاز شد. در همان دوره در جلسات فلسفه علامه طباطبایی نیز حاضر میشد. منتظری طی همین دوران با مطهری به بحث و گفت وگو مینشست و کلاس هایش نیز در قم دایر بود؛ دوره ای که افزون بر 10 سال به طول انجامید.
آیت الله العظمی منتظری بعد از وفات آیت الله بروجردی همراه شهید مطهری سعی بسیاری برای معرفی مرجعیت امام خمینی انجام دادند اما این تنها حمایت آیت الله العظمی منتظری از امام خمینی نبود. پس از آنکه امام در خردادماه سال 42 سخنرانی کوبنده ای علیه حاکمیت شاه انجام میدهند رئیس دادگستری قم به وزیر دادگستری میگوید؛ "نمی توان حکم دستگیری آیت الله خمینی را به دلیل حمایت افکار عمومی از ایشان صادر کرد." وی به جمله ای از آیت الله منتظری استناد کرده است که کوچک ترین اقدام علیه آیت الله خمینی موجب میشود مراجع خون دولت را مباح شمرند.
زمان دستگیری امام خمینی، آیت الله منتظری در قم حضور نداشت و برای سفرهای تبلیغی نهضت به نجف آباد رفته بود که پس از اطلاع از بازداشت امام ضمن گردآوردن ائمه جماعات مساجد تحصن هفت شبانه روزی را در مسجد بازار همان شهر ترتیب داد و سپس به همراه علما به تهران مهاجرت کرد که مجموع این فعالیت ها به ممنوع المنبر شدن آیت الله انجامید.