عمامه به سر گذاشت. همین عمامه به سر گذاشتن باعث شد آیت الله برای نخستین بار توسط شهربانی دستگیر شود. ایشان بعد از مدتی به مدرسه فیضیه رفت و با حاج صدر کلباسی هم مباحثه شد. کفایه را با آیت الله داماد آغاز کرده و با او هم درس شد. اما سفر حاج صدر کلباسی هم مباحثه ای ایشان نقطه عطفی را در تاریخ تحصیل آیت الله رقم زد؛ "شش هفت نفر بیشتر نبودیم که در درس آقای داماد شرکت میکردیم. یک روز آقای مطهری گفت؛ حاضری با هم مباحثه کنیم ؟ گفتم بله و از آن روز به بعد رفاقت ما با مرحوم شهید مطهری آغاز شد و حدود 11 سال هم مباحثه بودیم. سطح کفایه و یک مقدار زیادی از مکاسب را به همراه شهید مطهری نزد مرحوم آیت الله آقای داماد خواندیم. مقداری از کتاب رسائل را هم نزد آیت الله حاج آقا رضا بهاءالدینی خواندیم و درس ها را با یکدیگر بحث میکردیم."
در خلال همین سال ها امام خمینی دروس اخلاق خود را در مدرسه فیضیه برگزار میکرد که آیت الله العظمی منتظری و شهید مطهری از حاضران همیشگی جلسات بودند. ایشان سپس رسائل را نزد بهاءالدینی فرا گرفت و سپس دروس خارج را با محقق داماد و حجت تبریزی ادامه داد. سالی را در محضر صدر امینی به تحصیل پرداخت و سپس در سال 1323 به بروجرد رفت تا با دروس آیت الله بروجردی آشنا شود. یک سال بعد با اقامت آیت الله بروجردی در قم، آیت الله العظمی منتظری به خیل شاگردان وی در فقه و اصول پیوست و همان زمان و همزمان منظومه حکمت و سپس مبحث نفس اسفار را نزد امام خمینی خواند.