در نامه 17 مهر 65 درباره وضعیت زندانیان سیاسی به آیت الله خمینی مینویسد: "آیا میدانید در زندانهای جمهوری اسلامی به نام اسلام جنایاتی شده که هرگز نظیر آن در رژیم منحوس شاه نشده است ؟ آیا میدانید عده زیادی زیر شکنجه بازجوها مردند؟ آیا میدانید در زندان مشهد در اثر نبودن پزشک و نرسیدن به زندانیهای دختر جوان بعدا ناچار شدند حدود بیست و پنج نفر دختر را با اخراج تخمدان و یا رحم ناقص کنند... آیا میدانید در بعضی زندانهای جمهوری اسلامی دختران جوان را به زور تصرف کردند؟ آیا میدانید هنگام بازجویی دختران استعمال الفاظ رکیک ناموسی رایج است ؟ آیا میدانید چه بسیارند زندانیانی که در اثر شکنجه های بی رویه کور یا کر یا مبتلا به دردهای مزمن شده اند و کسی به داد آنان نمی رسد؟... آیا میدانید در بعضی از زندانها حتی از نور روز هم برای زندانی دریغ دارند، نه یک روز و دو روز بلکه ماهها؟...". (3)
اما مهمترین فراز زندگی آیت الله منتظری، به زعم من، جایی است که از مسئولیت حقوقی خود به عنوان قائم مقام رهبر، در مورد کشتار 3800 نفر از زندانیان مجاهد و 500 نفر از زندانیان چپ (این اعداد از کتاب خاطرات آیت الله منتظری استخراج شده است) در مدت کمتر از دو ماه در تابستان 67 سخن میگوید. به روایت خاطرات آیت الله منتظری، پنجشنبه روزی، فتوای آیت الله خمینی درباره اعدام زندانیان مجاهد، چه آنها که حبس خود را بر حسب حکمشان کشیده بودند و چه آنها که در اثنای کشیدن حبسشان بودند، اگر هنوز "بر سر موضع نفاق خود پافشاری" میکنند، صادر میشود. روز شنبه فتوا به دست آیت الله