دیداری با او (سید حسن خمینی) گفته است که مجرمان قتل های زنجیره ای گفته اند که احمد خمینی توسط محفل قتل های زنجیره ای کشته شده است. این حرف ها را عمادالدین باقی در یک جلسه گفتگو و مناظره در جمع دانشجویان در اصفهان که قرار بود فلاحیان هم در آن شرکت کند اظهار داشته بود. این گفته او از سوی نیازی تکذیب شد و عمادالدین باقی به اتهام نشر اکاذیب تحت تعقیب قرار گرفت. اما او از سید حسن خمینی خواستار شد که در زمینه درستی یا نادرستی گفته هایش اظهار نظر کند؛ که سید حسن خمینی در نامه ای، درستی اظهارات عمادالدین باقی را تأیید کرد."
تأثیر مرگ سید احمد خمینی بر رویدادهای جاری ایران را میتوان در انحصار قرار گرفتن میراث امام خمینی در دست رهبر جمهوری اسلامی ایران آیت الله خامنه ای دانست. فرزندان سید احمد کم سن و سال بودند و توانایی دفاع از نزدیکان خود را نداشتند. همچنین نسبت به انحراف از دیدگاههای خمینی بزرگ اشراف چندانی نداشتند. در این شرایط بود که محمد تقی مصباح یزدی که از مخالفان امام خمینی پیش از انقلاب بوده و پس از انقلاب نیز نسبت به او بی توجهی میکرد، مدیریت موسسه آموزشی امام خمینی را در دست گرفت و به تربیت روحانیونی پرداخت که افکاری مخالف افکار بنیانگذار جمهوری اسلامی تبلیغ میکردند. تأثیر مرگ سید احمد را میتوان در حضور فرزند ارشدش در عرصه سیاسی اجتماعی دید.
خمینی جوان پس از درج مدارج عالیه در حوزه و کسب تولیت آستان امام خمینی توانست در برابر رشد افکار ضد خمینی به نام خمینی، تا حدود زیادی ایستادگی کند. وی همچنین محملی شد برای