میپسندیدند. اسلامگراها نیز او را پدر معنوی خود میدانستند. به همین سبب پس از مرگ مصطفی خمینی بهانه ای ایجاد شد تا با عنوان کردن اینکه مرگ وی طبیعی نبوده و توطئه ای از سوی دولت ایران با همکاری رژیم صدام صورت گرفته است زمینه های توجه مردم به سوی وی فراهم شود.
اما این شایعه بدون زمینه نبود. از آنجا که وی فعالیتهایی رادیکال در مبارزه با رژیم شاه داشت و حتی برنامه هایی برای مبارزه مسلحانه و اعزام مبارزین و روحانیون به فلسطین تدارک دیده بود و با جدیت نیز آن را دنبال میکرد، مرگ ناگهانی وی بسیار شبهه برانگیز بود. هرچند که امام خمینی در پیام خود برای مرگ وی، هیچ اشاره ای به این شبهه نکرد اما باز هم مرگ وی در بین مردم طبیعی تلقی نشد و او به "شهید مصطفی خمینی" مشهور گردید. پس از مرگ وی، مراسم یادبود وی در شهرهای ایران محفلی برای گردهم آیی مخالفین رژیم شده بود و از ره آورد این رویداد دوباره نام حاج آقا روح الله خمینی بر سر زبانها جاری گردید.
مرگ سوم: دوران پسا خمینی
"بعد از مرگ ناگهانی احمد خمینی در 27 اسفند 1373 که بر اساس اعلام منابع دولتی، بر اثر سکته قلبی اعلام شد، شایعاتی در مورد طبیعی نبودن مرگ وی وجود داشت، تا اینکه بعد از ماجرای قتل های زنجیره ای پاییز 1377 و بحث هایی که در این زمینه در مطبوعات ایران از سوی دوم خردادی ها و رقبایشان جریان داشت، عمادالدین باقی از چهره های مطبوعاتی، مدعی شد که سید حسن خمینی پسر احمد خمینی به وی گفته است که حجت الاسلام نیازی رئیس دادگاه نیروهای مسلح که پرونده رسیدگی به این ماجرا به وی سپرده شده بود، در