سراسرى درآمد. او از جمله علماى برجستهاى بود که به عنوان اعتراض به دستگیرى حضرت آیت الله خمینى و دیگر علماى مجاهد و طبقات مختلف مردم ایران، به تهران مهاجرت و نقش بارزى در روشنگرى مردم و عقب راندن رژیم در اجراى توطئههاى شیطانیاش ایفا نمود. آیتالله منتظرى در همین سال دستگیر و پس از مدتى آزاد گردید.
در تاریخ311345 همراه عدهاى از علماى برجسته و مجاهد حوزه علمیه قم بازداشت و به زندان قزل قلعه افتاد. اتهام آنان تشکیل جمعیت و گروهى مخالف رژیم سلطنتى بود. شکل بازجوییها و پروندهسازیها و شکنجههاى وحشیانه به طورى بود که نتیجهاش جز زندانهاى درازمدت چیزى نبود ولى اعتراض و فشار افکار عمومى و تهدید به اعتصاب غذا موجب شد که کلیه دستگیرشدگان را پس از 7 ماه آزاد کنند. ولى پس از مدتى دوباره دستگیر و به زندان قزل قلعه تهران و سپس به زندان قصر منتقل گردید. پس از شکنجههاى وحشیانه و اهانتهاى خرد کننده سرانجام ایشان را در یک دادگاه نمایشى به دو سال زندان محکوم کردند پس از گذراندن دوران محکومیت از زندان آزاد گردید ولى رژیم ایشان را به اقامت اجبارى در شهرستان نجفآباد وادار ساخت و پس از چند ماه مجبور گردید این اجبار را لغو نماید. آیت الله منتظرى در اسفند ماه سال 43 بدون داشتن گذرنامه از طریق مرزهاى غربى کشور به عراق مسافرت و پس از چندى به وطن مراجعت کرد ولى هنوز چند صباحى نگذشته بود که ایشان را دستگیر و به شهرستان "مسجد سلیمان" تبعید کردند ولى به علت روشنگریها و ارشاد سازنده ایشان در تبعیدگاه و پشتیبانى بینظیر مردم آن منطقه از ایشان، رژیم مجبور شد که ایشان را به قم بازگرداند. از این تاریخ به بعد سازمان امنیت به طور مرتب ایشان را احضار میکرد و بیشتر اوقات زیر نظر و کنترل نیروهاى ساواک و شهربانى به سر میبرد تا اینکه مجددا در سال 1352 بازداشت و به شهرستان "طبس" در استان خراسان تبعید گردید. از خصوصیات بارز اخلاقى آیتالله منتظرى سادگى در زندگى و برخورد صمیمانه ایشان با مردم کوچه و بازار است به طورى که در اولین برخورد نظر هر بیننده را جلب میکند و به خاطر همین خصلت انقلابى و اسلامى است که به سرعت در توده مردم نفوذ کرده و آنها را با جنایات رژیم آشنا ساخته و به ارزشهاى متعالى اسلامى رهنمون میسازد. هنوز چند روزى از اقامت ایشان در طبس نگذشته بود که مردم آن نواحى به طرز بیسابقهاى به شخصیت علمی، اسلامى و مبارزاتى ایشان پى بردند و علیرغم فشار و ممانعت ساواک مردم گروه گروه به ایشان روى میآوردند. مردم طبس براى اولین بار در نماز جمعه چند هزار نفرى شرکت میکردند. گرایش مردم نسبت به سخنان ایشان و افشاگریهاى قهرمانانه و قاطعانه ایشان رژیم را به وحشت