بود. وانگهى در زندان همگى به گونهاى مخلوط با هم محکومیت را میگذراندند و این خود مشکلات بسیارى پدید میآورد، از یک سو تحمل زندان و شکنجه و از سوى دیگر زیر یک سقف باید از بابت مسائل شرعى ـ پاکى و نجسى ـ مشکلاتى را تحمل کنند. سرانجام بنا بر اسناد موجود صدور رسمى فتواى نجاست مارکسیستها در آذرماه 1355 علنیتر شد. این فتواى نوشته نشده که به گونهاى شفاهى صادر شد، این گونه بود:
"بسم الله الرحمن الرحیم، با توجه به جنایاتى که از شهریور 1320 تا به حال توسط کمونیستها انجام شده، نشست و برخاست و زندگیکردن و حشر و نشر و همکارى با کفار من جمله کمون مارکسیستها و کسانى که از این قماشند حرام است. مسلمانان باید از آنها کمال احتراز را بنمایند. مجاهدین نیز اگر از تعلیمات و ایدئولوژى سال 50 استغفار ننمایند زندگى و حشر و نشر با آنان نیز حرام است و باید وضع خود را روشن کنند. اگر از ایدئولوژى خود استغفار نکنند باید از آنها جدا شد و آنان را کافر شمرد" .
این فتوا از سوى 7 نفر صادر شد: عبدالرحیم ربانى شیرازی، محمدرضا مهدویکنی، محیالدین انواری، على اکبر هاشمى رفسنجانی، حسینعلى منتظری، سید محمد بهشتى و مرتضى مطهری.
آیتالله منتظرى مشکل انحراف ایدئولوژیک سازمان را که از آغاز بر اساس ایدئولوژى اسلامى فعالیت میکردند، نظارت نداشتن متخصص این ایدئولوژى ـ اسلام ـ بر آن تشکیلات میداند: "سازمان مجاهدین خلق در ابتدا بر اساس اسلام و مذهب تشیع تشکیل یافت، ولى نه آنان به سراغ اهل علم و متخصصین مسائل اسلامى رفتند و نه اهل علم به آن توجه کردند و قهراً کار به دست افراد فرصتطلب و ناوارد افتاد و به انحراف کشیده شد و بسیارى از نیروهاى جوان و فعال کشور متأسفانه به هدر رفت".
آیتالله منتظرى ضمن توصیف موافقت اجمالى مبارزان با مبارزة مسلحانه که تحت شرایط خاصى انجام شود، بیان میدارد: "ما در آن شرایط اجمالاً از مبارزة مسلحانه خوشمان میآمد و براى پیشرفت کار هم آن را لازم میدانستیم، اما براى حفظ حقوق و در چارچوب اسلام و اهداف انقلاب اسلامی".