جمعه بیان میکند:
"مسأله حکومت و ولایت یکى از مسائل مهم اسلام است. مردم موظفند براى اجتماع خودشان فکر حکومت صالح بکنند و بر علماست اجتماع کنند، شور کنند و کسى را که لایق باشد براى اجراى دستورات اسلام تعیین کنند". (عبارت از عین سند شماره 288 که گزارش ساواک است نقل شده است)، هنگامى که این مباحث و مانند آن در خطبههاى نماز جمعه مطرح میشود بیدلیل نیست که ساواک حساسیت خود را ابراز دارد، به ویژه آنکه عدة زیادى از دانشجویان از اصفهان در نماز جمعه شرکت کردهاند، (س ش 289). معاون عملیات ساواک طى دیدارى با ایشان در عین تطمیع تهدید هم میکند. آیتالله منتظرى خواستار بازگشت به قم است که این درخواست از نظر ساواک باید کتبى ارائه شود اما ایشان چون گذشته و حال از تقاضاى کتبى ابا میکند. اما کارشناسان امنیتى رژیم میدانند حضور در قم فرصت دیگرى براى ادامه فعالیتهاى سیاسى در عرض فعالیتهاى علمى است و بر این اساس با آن مخالفت میکنند و از عوامل خود میخواهند بر ادامه مراقبتهاى امنیتى خود بیافزایند، (س ش 291 ـ 290).
آیتالله منتظرى در نجفآباد ضمن فعالیتهاى فرهنگى ـ سیاسى در میان اقشار مردم به همراه مرحوم آیتالله حاج شیخ عباس ایزدی، مدرسه الحجه(عج) را اداره و علاوه بر تربیت شاگرد، به پرداخت شهریه با نام آیتالله خمینى ادامه میدهد. ساواک روى این مدرسه حساسیت عمیقى دارد به گونهاى که اعتقاد دارد: "نام بردگان محیطى را به وجود آوردهاند که اصولاً با مرکز علوم دینى قابل قیاس نمیباشد". گزارشگران ساواک این محل را آلودهسازى اطفال معصوم تحت لواى مذهب، و گرایش آنها به کمونیسم توصیف میکنند وگزارشگر وصف کننده خوب میداندکه دو مجتهد که مخالف سرسخت کمونیسم هستند امکان ندارد در مدرسهاى علمیه عقاید کمونیستى را ترویج نمایند ولى با این حال چون حساسیت مقامات سیاسى بالا را بر کمونیست خوب میدانند براى خوش خدمتى و به کرسى نشاندن عقاید خود باید بزرگ نمایى کنند. ساواک ذیل این گزارشها حتى پیشنهاد خارج کردن مدرسه از تحت اشراف آیتالله منتظرى را داده وکمیت وکیفیت برخورد قضایى و امنیتى را ارائه میکند، (س ش 295، 298).
در همین سالها (51 ـ 50) تعدادى از مؤسسین اولیه سازمان مجاهدین خلق توسط رژیم شاه به اعدام محکوم شده بودند چون: رضاییها، حنیف نژاد، سعید محسن، بدیع زادگان، ناصر صادق، باکری، مشکین فام. برخى از خانوادههاى آنان به حوزه علمیه قم و به برخى روحانیون جهت جلوگیرى از اعدام پناه آورده بودند. تاریخ نشان از فعالیت عدهاى از روحانیون در این باره میدهد. در قم اعلامیهاى منتشر شد با عنوان: "روحانیون مبارز قم"، در آن اعلامیه