در ماههاى پایانى سال1343 دو نامه از سوى جمعى از علماى حوزه علمیه به امیرعباس هویدا نخست وزیر وقت ارسال میشودکه در هردو نامه امضاى آیتالله منتظرى مشاهده میشود در نامه مورخه 29111343 این مطالب به عنوان معضلات کشور دیده میشود: "وجود خفقان، محدودیت، سانسور، تفتیش عقاید، فشار اقتصادى و رشد هزینهها بر مردم، زندانى کردن منتقدین و محروم کردن آنها از اظهارنظر" و آمده است:
"در جهان امروز کجا معمول است عدهاى مطلق العنان حاکم مطلق بر جان و مال و ناموس مردم باشند کسى حق فریاد و تظلم نداشته باشد؟".
در پایان این نامه خواسته شده علاوه بر پایان دادن به اختناق سیاسی، رفاه اقتصادى مردم مدنظر قرارگیرد و نسبت به آزادى زندانیان سیاسى و عودت آیتالله خمینى اقدام گردد، (س ش 33).
در نامه دیگرى در تاریخ 26121343، که به امضاى جمعى از علما و محصلان اصفهانى حوزه علمیه قم به نخست وزیر وقت ـ هویدا ـ نوشته شده، با اشاره به مطالب نامه قبلى از شکاف بین ملت و دولت سخن به میان آمده که از علل آن عمل نکردن به قوانین مقدس اسلام و عدم رفع نواقص اجتماعى و اقتصادى نام برده شده و نسبت به اقدامات خشونتآمیز حاکمیت، خیرخواهانه اعتراض شده و از هویدا خواسته شد تصویب نامههاى ضد دینى لغو، و آیتالله خمینى به کشور ارجاع داده شود، (س ش 34).
در شب 25 شوال (8121343)، سالگرد حمله به مدرسه فیضیه مراسمى در مدرسه فیضیه برگزار گردیدکه پس از آن عدهاى از طلاب ـ حدود 500 نفرـ به حرم مطهر رفته و پس از دعاى توسل، شعارهایى در حمایت از امام خمینى سر داده و به سوى مدرسه فیضیه حرکت و مقابل میدان صحن اجتماع کردند که توسط نیروهاى انتظامى متفرق شدند. در روز 8121343 هم تظاهرات مشابهى صورت میگیرد که به علت آمادگى مأموران، طلاب متفرق میشوند. این دو تجمع و تجمعهاى دیگر محرکینى داشته که نام 11 نفر در گزارش ساواک قم آمده است که در صدر آنها نوشته شده: شیخ حسینعلى منتظرى اصفهانی، (س ش 35).
آیتالله منتظرى در ادامه حمایتهاى خود از آیتالله خمینی. سال 1344 وارد نجف اشرف شد و به دیدار آیتالله حکیم رفت. هدف اصلى از این مسافرت، دیدار، مذاکره و رایزنى با آقاى