اصولی است که در اثر تدبر و تفکر به صورت اندیشه و باور در روح و ذهن انسان به وجود آمده است."همان، ص 109، "پاسخ به سؤال جمعی از طلاب حوزه علمیه قم پیرامون نظارت استصوابی"، 1378/3/17؛ و نیز، ر.ک : همان، ص 144 و 145، "پاسخ به پرسش هایی پیرامون خشونت یا تسامح و تساهل"، 1378/5/12.
او در این زمینه به آیات متعددی از قرآن کریم همان، ص 576، "پاسخ به سؤالاتی در مورد برخی مسائل روز"، 1381/2/31. و نیز سیره پیشوایان دین استناد میکند که همگی دلالت بر این حقیقت دارند که مقوله ایمان که مبتنی بر مقوله فکری و فرهنگی است اکراه پذیر نمی باشد. وی مبحث ارتداد را بکلی خارج از حوزه اندیشه و فکر معرفی میکند و حکم آن را همراه با عناوینی چون تضییع حقوق مردم و محاربه با آنان میداند.همان، ص 461، "پاسخ به پرسش های حجة الاسلام دکتر کدیور"، 1380/4/23.
آیت الله منتظری آزادی اندیشه را حق کافی بشر نمی داند؛ بلکه ابراز آن را نیز از حقوق اولیه هر انسانی میشمارد: "ابراز هرعقیده و اندیشه ای حق اولی هر انسان است؛ عقلای جهان در هیچ زمانی کسی را از ابراز آنچه اندیشیده و در قالب یک تفکر شکل یافته است منع نمی کنند.
گرفتن این حق از انسان ظلمی است نسبت به او؛ همان گونه که اطلاع از هر اندیشه و فکری برای دیگران نیز حق آنان میباشد."همان.
وی با اشاره به آنچه درباره کتب ضلال در برخی منابع اسلامی عنوان شده است، آن را به معنای ایجاد محدودیت یا برخورد قهرآمیز با آرا و عقاید مخالف نمی داند، و معتقد است: "با توجه به آیات و روایات و سیره معصومین (ع) مقصود از آن، مواردی است که مخالفان معاند به جای استفاده از براهین عقلی و استدلال منطقی به دروغ و فریب و یا