حکومت اسلامی را الهی میدانند؛ اما نقطه فارق اندیشه ایشان نسبت به سایرین در این است که ایشان با ارائه نظریه انتخاب در زمان غیبت، بیعت و رضایت عمومی را در مشروعیت حاکمیت اسلامی شرط میدانند. به عبارت دیگر، مشهور قائلان به نظریه مشروعیت الهی که فقیهان را در زمان غیبت دارای ولایت میدانند، معتقدند که فقهای واجد شرایط در زمان غیبت به طور عام از سوی امام (ع) به ولایت بر مسلمانان منصوب شده اند و بر این اساس مشروعیت حاکمیت آنان از سوی شارع مقدس است و انتخاب مردم در این زمینه هیچ گونه نقشی ندارد و تنها در تحقق آن مؤثر است. اما مطابق نظریه آیت الله منتظری فقهای واجد شرایط پیش از بیعت شرعی و انتخاب مردم تنها "صلاحیت" ولایت را دارند و چنانچه بدون بیعت مردمی قدرت را قبضه نمایند و عملا دارای حاکمیت شوند، ولایت و حاکمیت آنان مشروعیت نخواهد داشت؛ مگر اینکه حاکمیت ضرورت داشته باشد و مردم نسبت به امر حاکمیت بی تفاوت شده باشند و اقدام نمی کنند، در این صورت اقدام در آن از باب حسبه واجب است؛ و در این فرض فقیه قدر متیقن است، هرچند اگر او اقدام نکرد نوبت به عدول مؤمنین و در رتبه بعد به فساق مؤمنین میرسد؛ و اینکه امر حاکمیت با فرض مصلحت و ضرورت آن مهمل گذاشته شود برخلاف حکم عقل و رضایت شرع است؛ ولی اگر نتوانند اطاعت ملت را به دست آورند تکلیف ساقط میشود زیرا اطاعت ملت مقوم حاکمیت است.
ایشان برای اثبات نظریه خود، ابتدا احتمالات متصور برای تحقق ولایت فقها بنابر نظریه نصب عام را - در مقام ثبوت - برمی شمرند و تمامی آن ها را به نقد میکشند و چنین نتیجه گیری میکنند که نظریه نصب فقها در عصر غیبت، به این معنا که ائمه (ع) آنان را به ولایت بالفعل منصوب فرموده باشند، معنای معقولی ندارد و تمامی احتمالاتی که برای آن شمرده شده، اساسا در مرحله ثبوت و امکان قابل خدشه است.برای آشنایی بیشتر با نظریات مختلف در این زمینه، ر.ک : کاظم قاضی زاده، اندیشه های فقهی سیاسی امام خمینی، ص 115 - 108.