مرجعیت به ضمیمه شجاعت و قاطعیت و استقامت ایشان بود قوای تا دندان مسلح رژیم شکست خورد، و به اصطلاح ایمان بر شمشیر غالب شد، و انقلاب اسلامی به پیروزی رسید. و بر این اساس در اصل 107 قانون اساسی نخست در رهبر منتخب خبرگان مرجعیت او قید شده بود، ولی پس از بازنگری که پس از رحلت مرحوم امام به تصویب رسید قید مرجعیت القاء شد. و در حقیقت رهبری نظام به طور کلی از مرجعیت و رهبری دینی جدا شد و پشتوانه قلبی مردم را که طبعا نسبت به مقام مرجعیت دینی وجود دارد از دست داد، و به صورت یک نهاد دولتی خالص جدای از رهبری دینی در آمد.
دشمنان اسلام و استقلال کشور که به عظمت و نفوذ معنوی مقام مرجعیت شیعه پی بردند همواره درصدد تضعیف این مقام بودند ولی کار مهمی از آنان ساخته نبود.
مراجع تقلید همواره نزد همه طبقات مورد احترام خاصی بودند، و حتی در رژیم سابق نیز پس از بازداشت مرحوم امام مقام مرجعیت ایشان سبب شد که جرات نکنند به ایشان آسیبی برسانند؛ ولی متاسفانه در حکومت اسلامی که انتظار میرفت حامی مقام مرجعیت دینی باشد به وسیله گویندگان و نویسندگان و راه انداختن گروههای فشار بی باک به بهانه دفاع از رهبری سیاسی، مقام مرجعیت تحقیر و حریم آن شکسته شد، و عملا کاری را که دشمنان اگر میلیاردها تومان خرج میکردند نمی توانستند انجام دهند بدست آقایان انجام شد.
تعیین مرجع توسط حکومت یا مردم ؟
بالاخره با اینکه در جلسه خبرگان که بلافاصله پس از رحلت مرحوم امام تشکیل شد قید مرجعیت را نادیده گرفتند، ولی پس از آن عده ای و از جمله برخی از ائمه جمعه و مسئولین اطلاعات و سپاه و وزارت خارجه درصدد برآمدند مقام مرجعیت و افتاء را نیز به رهبر منتخب اعطا نمایند، و در این زمینه آقای یزدی که رئیس قوه قضائیه بود بیش از همه این موضوع را تعقیب کرد و در بلاد مختلف کشور مرجعیت ایشان را عنوان میکرد و بر تقلید از ایشان اصرار داشت.