این از افتخارات حوزه های علمیه شیعه بوده است که زیر کنترل و سلطه حکومتها نبوده اند و حتی اگر حکومتها میخواسته اند مرجعی را به مردم معرفی کنند تازه مردم به او بدبین میشده اند. بعد از فوت مرحوم آیت الله بروجردی که دربار شاه عنایت داشت که مردم به مرحوم آیت الله حکیم مراجعه کنند مردم تازه به قضیه بدبین شدند، با اینکه مرحوم آیت الله حکیم در این تصمیم دخالتی نداشت اما شاه با تجربه ای که از قدرت مرجعیت آیت الله بروجردی داشت میخواست در ایران رقیب و مزاحمی نداشته باشد لذا میخواست مرجعیت را به خارج از کشور منتقل کند.
فتوای مرجعیت شیعه همیشه به عنوان آخرین امید و باعث دلگرمی شیعیان بوده است. از نظر شیعیان مرجع باید تیز هوش باشد، شجاع باشد، مستقل باشد، گروهها و صاحبان قدرت نتوانند او را فریب دهند، واقعا محبتش در دل مردم باشد، و این از افتخارات شیعه است؛ در حالی که فقهای سنت با وابسته شدن به حکومتها از آن محروم بوده اند. این سهم امامی که ما داریم و با آن حوزه ها را اداره میکنیم اهل سنت ندارند، آنها با بودجه های دولتی حوزه های علمیه خود را اداره میکنند؛ و به همین جهت استعمارگران هم از علما و حوزه های شیعه که متکی به مردم هستند هراس بیشتری دارند.
حتی مرحوم امام (ره) هم که یکی از افتخارات ماست که به رهبری ایشان این انقلاب به پیروزی رسید و خود دولت و حکومت تشکیل دادند عنایت داشتند که استقلال حوزه ها مانند سابق محفوظ بماند.
در بحرانهایی که در قرون گذشته برای شیعیان پیش میآمد، با فتوای صریح یا حکم یک مرجع معروف، آنان وظیفه الهی خویش را روشن مییافتند؛ چون او را جانشین حضرت ولی عصر (عجل الله تعالی فرجه الشریف) و لازم الاطاعه میدانستند.
در داستان معروف انحصار تنباکو که یک قرارداد اقتصادی استعماری از ناحیه انگلستان بود، یک حکم نیم سطری مرحوم آیت الله العظمی آقای حاج میرزا حسن شیرازی (اعلی الله مقامه) حتی در دربار و اندرون شاه قاجار نیز نفوذ پیدا کرد و قرارداد با شکست مواجه شد.
و در زمان خود ما با اینکه بسیاری از علما در مقابل حکومت پهلوی قیام کردند لیکن موفقیت کامل پیدا نشد. ولی با نفوذ معنوی مرحوم امام خمینی که ناشی از مقام