حریم روحانیت و مرجعیت شکسته شد و در اثر برخوردهای تند و غلط برخی از مامورین آن بتدریج حالت رعب و وحشت در جامعه روحانیت ایجاد شده و روحیه شهامت و شجاعت و اعتماد به نفس را از طبقه ای که پیوسته حامی حق و مدافع حقوق مردم ضعیف بوده اند سلب نموده است.
در همه اعصار روحانیت محترم بود و آنان پناهگاه مردم گرفتار بودند ولی در زمان ما حریم روحانیت بکلی شکسته شد. آقایان میخواهند به وسیله دادگاه ویژه، روحانیت را به طور کلی قبضه کنند و در اختیار خود قرار دهند، غافل از اینکه با این روش روحانیت دارای معنویت و ارزش اجتماعی باقی نمی ماند. درست است که باید حکومت و روحانیت هر یک دیگری را در رسیدن به هدفهای مشروع کمک نماید، ولی این هماهنگی بدان معنا نیست که یک کدام دیگری را صددرصد در اختیار خود قرار دهد و استقلال آن را از بین ببرد.
دادگاه ویژه اول بار به تصدی مرحوم آقای آذری کارهای تندی انجام داد و عکس العملهای تندی را به دنبال داشت و بالاخره تعطیل شد، ولی دو باره مرحوم امام تصمیم به تشکیل آن گرفتند و چنین وانمود شد که غرض از آن اصلاح حوزه و تطهیر روحانیت است، و من چون به ضررهای آن واقف بودم به وسیله تلفنگرام به مرحوم امام مضار آن را یادآور شدم و پیشنهاد کردم از طرف خود حوزه هیاتی برای رسیدگی به تخلفات روحانیون تعیین گردد، ولی آقای حاج احمد آقا از قول مرحوم امام مطالبی در رد پیشنهاد من نوشته بود (پیوستهای شماره 233 و 234)، و بالاخره دادگاه ویژه را تشکیل دادند و آقای فلاحیان به عنوان دادستان و آقای علی رازینی به عنوان قاضی آن تعیین شدند، و بعدا معلوم شد هدف عمده این تصمیم مستقیما سید مهدی هاشمی و غیر مستقیم من و علاقه مندان من و دفتر من بوده اند، و چه افراد محترم و بیگناهی از روحانیون خدمتگزار به اسلام و انقلاب به بهانه های واهی و به نام سید مهدی کوبیده شدند.
پس از رحلت امام (ره) دادگاه ویژه را توسعه دادند و حتی در بند "د" از ماده 13 قانون اختراعی این دادگاه مربوط به صلاحیتهای آن که از طرف آقای ری شهری تنظیم شد این چنین آمده است: "کلیه اموری که از سوی مقام معظم رهبری برای رسیدگی ماموریت داده میشود". این بند، دادگاه ویژه را ابزار و اهرمی برای اعمال