آقای شمس آبادی بعد از تبعید ما و دیگر فضلای حوزه های علمیه گفته بود: "اینها با امام حسین درافتادند، امام حسین اینها را لت و پارشان "پراکنده شان " کرد!".
در همان زمان مرحوم امام هم در یکی از صحبتهایشان در نجف -گو یا در همین درسهای حکومت اسلامیشان بود- گفته بودند که این آخوندهایی که مخالف نهضت هستند و با دربار همکاری میکنند عمامه شان را بردارید،اینها را باید رسوا کرد و از این قبیل تعبیرات حضرت امام خمینی (ره) در کتاب حکومت اسلامی، در این زمینه میفرماید: "مبلغینی که در حوزه های روحانیت درست کرده اند و عمالی که در دانشگاهها و موسسات تبلیغات دولتی یا بنگاههای انتشاراتی داشتند... همه دست به دست هم داده در تحریف حقایق اسلام کارکردند به طوری که بسیاری از مردم و افراد تحصیل کرده نسبت به اسلام گمراه و دچار اشتباه شده اند.اسلام دین افراد مجاهدی است که به دنبال حق و عدالتند،دین کسانی است که آزادی و استقلال میخواهند، مکتب مبارزان و مردم ضداستعمار است؛امااینها اسلام را طور دیگری معرفی کرده اند و میکنند.تصور نادرستی که از اسلام در اذهان عامه بوجود آمده و شکل ناقصی که در حوزه های علمیه عرضه میشود برای این منظوراست که خاصیت انقلابی و حیاتی اسلام را از آن بگیرند و نگذارند مسلمانان در کوشش و جنبش و نهضت باشند، آزادیخواه باشند...". (صفحات 7 و 8) "آخوندهایی که اصلا به فکر معرفی نظریات و نظامات و جهان بینی اسلام نیستند و عمده وقتشان راصرف کاری میکنند که آنها میگویند و سایر کتابهای "فصول " اسلام را فراموش کرده اند باید مورد چنین اشکالاتی و حملاتی قرار بگیرند. آنهاهم تقصیر دارند. مگر خارجیها تنها مقصرند؟ البته بیگانگان برای مطامع سیاسی و اقتصادی که دارند از چند سال پیش اساس را تهیه کرده اند و به واسطه اهمالی که در حوزه های روحانیت شده موفق گشته اند. کسانی در بین ما روحانیون بوده اند که ندانسته به مقاصد آنها کمک کرده اند تا وضع چنین شده است ". (صفحه 11) "اینها نقشه هایی است که دامنه اش حتی به حوزه های دینی وعلمی رسیده است به طوری که اگر کسی بخواهد راجع به حکومت اسلام و وضع حکومت اسلام صحبتی بکند باید با تقیه صحبت کند و با مخالفت استعمارزدگان "در حوزه های علمیه " روبرو شود". (صفحه 18) "شما که فعلا قدرت ندارید جلوی بدعتهای حکام رابگیرید و این مفاسدرا دفع کنید اقلا ساکت ننشینید... داد و فریاد کنید، اعتراض کنید، انظلام نکنید. انظلام "تن به ظلم دادن "بدتر از ظلم است،اعتراض کنید،انکار کنید، تکذیب کنید،فریاد بزنید...این مطالب باید گفته شود تا مردم متوجه باشند و نسل آینده سکوت این جماعت را حجت قرارندهد و نگوید لابد اعمال و رویه ستمکاران مطابق شرع بوده است ". (صفحه 158) "ماباید جلوی این غارتگریها و حرام خواریها را بگیریم.همه مردم موظف به این کار هستند ولی علمای دینی وظیفه شان سنگین تر و مهمتر است " . (صفحه 160) "آیا علمای اسلام نبایداین مطالب را بگویند... چرا فریاد نمی زنند؟ چرا از این غارتگریها هیچ سخنی نمی گویند". (صفحه 161) "عمده وجوب امر به معروف و نهی از منکر برای این امور است. ما امربه معروف و نهی از منکر را دردایره کوچکی قرارداده و به مواردی که ضررش برای خود افرادی است که مرتکب میشوند یا ترک میکنند محصور ساخته ایم ". (صفحه 163) "شما نسل جوان حوزه های روحانیت باید زنده باشید و امرخدا را زنده نگه دارید". (صفحه 176) "معرفی وارائه اسلام مستلزم این است که حوزه های روحانیت اصلاح شود...افکار جماعت مقدس نما که مردم را از داخل حوزه های روحانیت از اسلام و اصلاحات اجتماعی باز میدارند اصلاح شود، آخوندهای درباری که دین را به دنیا میفروشند ازاین لباس خارج و از حوزه هاطرد واخراج شوند".(صفحات 187 و 188) "این گونه افکار ابلهانه که در ذهن بعضی وجود دارد به استعمارگران و دولتهای جائر کمک میکند که وضع کشورهای اسلامی را به همین صورت نگه دارند و از نهضت اسلامی جلوگیری کنند. اینها افکار جماعتی است که به مقدسین معروفند ودر حقیقت مقدس نما هستند نه مقدس.باید افکار آنها را اصلاح کنیم و تکلیف خود را با آنها معلوم سازیم چون اینها مانع اصلاحات و نهضت ما هستند و دست ما را بسته اند. روزی مرحوم آقای بروجردی، مرحوم آقای حجت، مرحوم آقای صدر، مرحوم آقای خوانساری رضوان الله علیهم برای مذاکره در یک امر سیاسی در منزل ما جمع شده بودند به آنان عرض کردم که شما قبل از هر کار تکلیف این مقدس نماها را روشن کنید.با وجود آنها مثل این است که دشمن به شما حمله کرده و یک نفر هم محکم دستهای شما را گرفته باشد". (صفحات 196 و 197) "این جماعت را ابتدا باید نصیحت و بیدار کرد... هرگاه بعد از تذکر و ارشاد و نصیحتهای مکرر بیدارنشده و به انجام وظیفه برنخواستند معلوم میشود قصورشان از غفلت نیست بلکه درد دیگری دارند، آن وقت حسابشان طور دیگری است ". (صفحات 198 و 199) "فقهای اسلام باید در موردی که برای دیگران تقیه است تقیه نکنند"(صفحه 200) "در روایت است که از اشخاص بد دین بترسید، اینها دین شما رااز بین میبرند،اینها را باید رسوا کرد تا اگر آبرو دارند در بین مردم رسوا شوند، ساقط شوند... باید جوانهای ما عمامه اینها را بردارند،عمامه این آخوندهایی که به نام فقهای اسلام،به اسم علمای اسلام این طور مفسده در جامعه مسلمین ایجاد میکنند باید برداشته شود.من نمی دانم جوانهای ما در ایران مرده اند؟ کجا هستند ؟ ما که بودیم این طور نبود ؟ چرا عمامه های اینها را بر نمی دارند؟من نمی گویم بکشند،اینها قابل کشتن نیستند لکن عمامه از سرشان بردارند، مردم و جوانهای غیور ما در ایران موظف هستند که نگذارند این نوع آخوندها، جل جلاله گوها، معمم در جوامع ظاهر شوند و با عمامه در بین مردم بیایند، لازم نیست آنها را خیلی کتک بزنند لیکن عمامه هایشان را بردارند". (صفحه 202).بعد این گونه تعبیرهای مرحوم امام باعث شد افرادی که تند و تیز بودند و روحیه انقلابی داشتند یک مقدار مسائل را چربتر بکنند و به عنوان یک همکار رژیم به این گونه روحانیون نگاه کنند.