دستگاه قضایی نباید اصل را بر تحقق جرم بگذارد و به هر شکل ممکن در صدد اثبات آن باشد، بلکه باید با بی طرفی تمام نسبت به تحقق جرم یا عدم تحقق آن اقدام کند و قرائن و شواهد را مطالعه کند و در صورت عدم اثبات شرعی و قانونی جرم، اصل را بر برائت متهم قرار دهد.
نکته ای که یادآوری آن ضروری است استفاده از روشهای معمول جهان برای تشخیص حق و تحقق عدالت است. گرچه در گذشته این روشها در محاکم قضایی مسلمانان معمول نبوده است، اما چون در جهت رعایت عدالت و پیشگیری از خطای قاضی میباشد، به کار گیری آن در دستگاه قضایی ضروری است، مانند داشتن وکیل برای متهم، حضور هیأت منصفه در محاکم، حق فرجام و قطعی نشدن حکم در مرحله اول و مسائلی از این قبیل. و از آنجا که عدالت اصل و اساس قضاوت میباشد باید از هر روشی که به این هدف کمک میکند بهره گرفت. البته برخی از روش های یادشده از منابع اسلامی قابل استنباط است.
ج - حدود و تعزیرات
در مجموعه احکام جزایی اسلام، دو نوع کیفر برای جرایم در نظر گرفته شده است. برخی مجازاتها از سوی شارع مقدس بیان شده و محدوده آن از لحاظ کمی و کیفی تبیین گردیده است، که با عنوان "حدود" شناخته میشوند. نوع دوم کیفر آن است که کمیت یا کیفیت آن به تمامی روشن نشده و بلکه حداکثر آن بیان گردیده و اختیار جزئیات آن به عهده قاضی واگذار شده است، که "تعزیر" نام دارد.
حدود یا از موارد حق الله است مثل حد شرب خمر، یا در مورد حق الناس است مثل حد محاربه و حد سرقت، و یا تلفیقی از این دو، مثل برخی کیفرهایی که برای جرایم فساد اخلاق در نظر گرفته شده است. تعزیرات نیز در هر یک از دو مورد فوق تشریع شده است. یعنی گاهی به خاطر عدم رعایت حق الله تعزیر اجرا میشود و گاه برای عدم رعایت حق الناس؛ و قاضی مجتهد جامع الشرایط در این امور میتواند اعمال نظر کند.