اقلیت های دینی شناخته نشده که زادگاه آنها و پدران و مادران آنها در کشور اسلامی بوده است، حق آب و گل و نیز حق شهروندی دارند و اصولا منعی از بیان مکتب و مرام خود ندارند؛ در زمان پیامبراکرم (ص)و حضرت امیر(ع) نیز مراکز دینی سایر ادیان و فرقه ها تحت شرایط و قیودی وجود داشته و منعی از طرف حاکمیت اسلامی وجود نداشته است.
حضرت امیر(ع) در نامه به مالک اشتر نسبت به قشرهای مختلف مردم مصر میفرماید: "فانهم صنفان:اما أخ لک فی الدین أو نظیر لک فی الخلق"؛ از این جمله فهمیده میشود که از نظر آن حضرت، غیر مسلمانان مصر که از پیروان ادیان و مذاهب گوناگون - و حتی غیر رسمی و شناخته نشده - بودند از حقوق شهروندی برخوردار بوده و میبایست در حاکمیت دینی احساس امنیت کنند.
لازم به ذکر است در مواردی که حاکمیت دینی نسبت به اقلیت های دینی و غیر دینی و نیز سیاسی سوء ظن داشته باشد و کارهای آنها در معرض اتهام یکی از جرایم کیفری قرار گیرد، باید یا در محاکم بی طرف و مرضی الطرفین محاکمه شوند و یا حداقل هیأت منصفه بی طرفی که مرضی الطرفین باشند در محاکمه حضور داشته باشند و نظر آنها مورد توجه محاکم قرار گیرد؛ زیرا در هر حال محاکم رسمی حاکمیت دینی یک طرف دعوا هستند و طبعا نمی توانند عادلانه و بی طرفانه قضاوت کنند.