مردم از اکناف و اطراف شهرهای مدینه، بصره، کوفه و مصر جمع شدند و از عثمان خواستند از گذشته خود توبه کند و به اصلاح امور پرداخته و کارگزاران فاسد و نالایق را عزل نماید و بر این امر اصرار ورزیدند. و عثمان نیز در اواخر مستأصل شد و از امام امیرالمؤمنین علی (ع) درخواست نمود به گونه ای مردم را آرام نموده آنها را از خود براند؛ و بالاخره پس از مذاکرات زیاد، عثمان از مردم سه روز مهلت خواست تا به خواسته های آنان عمل نماید. آنان متفرق شدند ولی عثمان در این هنگام در تدارک جنگ با آنان برآمد؛ سه روز مقرر گذشت و هیچ تغییر و اصلاحی صورت نگرفت.
قرار گذاشت حاکم مصر را که مصریان از او شکایت داشتند عزل نموده و محمدبن ابی بکر را جایگزین او کند، ولی قبل از اینکه محمدبن ابی بکر و همراهان او به مصر برسند و او از سوی خلیفه متصدی امور گردد در بین راه قاصدی را سوار بر شتر عثمان یافتند و به او بدگمان شدند، او را تفتیش نموده نامه ای از ناحیه عثمان به والی مصر با خود داشت که در آن بر قتل محمدبن ابی بکر و باقی ماندن والی سابق بر مسند خویش تأکید و ترغیب شده بود. آنان به مدینه بازگشتند و عثمان از اصل نامه اظهار بی اطلاعی نمود و گفت: آن شتر را از من ربوده اند، و نامه را جعل کرده اند؛ و به مردم گفت: اگر بنا باشد هرکس را شما خواستید بگمارم یا عزل کنم پس من چه کاره ام، این حکومت شما میشود نه حکومت من؛ به او گفتند: باید به خواست ما عمل نمائی و به اصلاح امور بپردازی و یا کنار روی و یا کشته میشوی، او گفت: من هرگز جامه خلافت را که خداوند به من پوشانده است از خود نمی کنم. بالاخره این نامه و امثال آن یا واقعا از ناحیه خود عثمان بود و یا آنچنان حکومت او افسارگسیخته بود که این کارها به نام او انجام میشد.
مردم چهل شبانه روز او را محاصره کردند و سرانجام پس از هیاهو و اعتراض مردم که اطراف منزل عثمان را محاصره کرده بودند یکی از سپاهیان عثمان از بالای خانه او تیراندازی کرد و یک نفر از اعتراض کنندگان را کشت. مردم معترض از عثمان خواستند قاتل را به آنان تحویل دهد و او استنکاف و اظهار بی اطلاعی از قاتل نمود و درگیری و زدوخورد پدید آمد، و در این بین عده ای به خانه عثمان هجوم آورده و او را کشتند.