پس از تأسیس مسجد قبا توسط طایفه بنی عمرو بن عوف و اقامه نماز در آن توسط پیامبر(ص)، منافقین که از طایفه بنی غنم بن عوف بودند بر آن پایگاه مهم حسد ورزیدند و در مکانی نزدیک قبا مسجدی بنا نمودند و از پیامبر خواستند در آن مسجد نیز اقامه نماز نماید. پیامبر(ص) که عازم جنگ تبوک بودند به آنان فرمودند: پس از بازگشت از سفر تبوک در مسجد شما نیز اقامه نماز میکنم. پس از بازگشت از تبوک آیات 107 به بعد سوره توبه نازل شد: (و الذین اتخذوا مسجدا ضرارا و کفرا و تفریقا بین المؤمنین و ارصادا لمن حارب الله و رسوله من قبل، و لیحلفن ان اردنا الا الحسنی، و الله یشهد انهم لکاذبون.)
پیامبر(ص) عاصم بن عوف عجلانی و مالک بن دخشم را برای تخریب مسجد ضرار فرستاد و آنان اقدام به تخریب آن نمودند. و در برخی از روایات افراد دیگری برای تخریب نام برده شده است.
در المیزان (ج 9، ص 392) به نقل از مجمع البیان آمده است: جمله (ارصادا لمن حارب الله و رسوله من قبل) اشاره است به داستان ابوعامر راهب (ابوعامر پدر حنظله غسیل الملائکة بوده است). او در زمان جاهلیت در مکه به شکل راهب در آمد و لباس مخصوص آن را میپوشید. پس از آمدن پیامبر به مدینه بر پیامبر حسد ورزید و تحریکات و کارشکنی های زیادی را علیه آن حضرت انجام داد؛ سپس بعد از فتح مکه فرار کرد و به طائف رفت؛ بعد از مسلمان شدن مردم طائف به سوی شام گریخت و در نهایت به روم رفت و در آنجا رسما نصرانی شد. در آنجا مقدمات حمله به مدینه را تدارک دید و برای منافقین پیغام فرستاد که پایگاهی در مدینه بنا کنند تا او نیز با کمک قیصر پادشاه روم لشکریانی را به کمک آنان بفرستد تا پیامبر را از مدینه بیرون کند. منافقین نیز با ساختن مسجد ضرار منتظر آمدن لشکریان ابوعامر بودند، ولی او قبل از ملاقات با پادشاه روم از دنیا رفت.
تخریب مسجد ضرار علاوه بر اینکه به دستور مستقیم وحی بود، دلایل روشنی داشت که مجموع آن دلایل موجب نزول آیه شریفه شد. این دلایل با استفاده از همان آیه عبارتند از:
1 - پایگاه ضرار؛ منافقین با تأسیس این مسجد میخواستند بر پیامبراسلام و مسلمانان آسیب وارد نمایند.