تأسیس شد ولی در اثر تندرویها و اعمال سلیقه های شخصی از ناحیه برخی متصدیان نسبت به برخی از روحانیین حکمهای ناروایی صادر شد، و من چون با اصل تأسیس آن - که حکایت از یک نحو تبعیض و امتیاز میکرد - مخالف بودم با کسب نظر حضرت امام نسبت به تعطیل شدن آن اقدام کردم؛ بعد از مدتی شنیدم که امام به عنوان اصلاح روحانیت بنا دارند آن را مجددا تأسیس نمایند، که ضمن یک تلفنگرام خاطره تلخ دادگاه ویژه قبلی را یادآور شدم و پیشنهاد کردم یک انجمن حوزوی شامل پنج نفر از علمای قم و از جمله رئیس دادگستری قم برای نظارت بر کار روحانیین و رسیدگی به کارهای خلاف آنان در قم تشکیل شود؛ در جواب تلفنگرام جوابی آمد و روزی هم یکی از آقایان آمد و اظهار داشت: "این هیأتی که شما پیشنهاد کرده اید آیا میتواند آقای [ ...] را احضار نماید؟" و نام یکی از علمای بزرگ را آورد که من تعجب کردم و دریافتم که هدف از تأسیس دادگاه ویژه، هدف وسیع تری است از آنچه من میپنداشتم. و بالاخره دادگاه ویژه در مرحله دوم تأسیس شد و کارهای تندی به وسیله آن انجام شد؛ و در اواخر مرحوم امام در جواب نمایندگان مجلس مبنی بر ضرورت اجرای قانون اساسی اظهار کردند که همه تشکیلات فراقانونی موقت و به خاطر جنگ بوده است. ولی پس از رحلت ایشان برای سومین بار دادگاه ویژه به دادستانی آقای ری شهری در سطحی وسیع تر به وجود آمد، و هرکس کوچکترین ارتباطی با یک روحانی داشت دادگاه ویژه به خود اجازه میداد او را احضار و محاکمه نماید.
در بند "د" از ماده سیزده قانون اختراعی این دادگاه که به وسیله آقای ری شهری تنظیم شده بود، در رابطه با صلاحیتهای آن چنین آمده است: "کلیه اموری که از سوی مقام معظم رهبری برای رسیدگی مأموریت داده میشود". این بند دادگاه ویژه را ابزاری برای اعمال سیاست های شخص رهبری معرفی میکند و در نتیجه موقعیت اجتماعی و حیثیت او را زیر سؤال میبرد.
اگر مقام رهبری به دستگاه قضایی کشور اعتماد ندارند چرا در اصلاح آن کوشش نمی کنند و چرا رسیدگی به جان و مال و عرض ملت شریف را به آن سپرده اند؟! و اگر اعتماد دارند چرا برای رسیدگی به امور مورد نظرشان تشکیلات وسیع پرهزینه دیگری را برخلاف قانون اساسی ابداع کرده اند؟!